Příčiny ohrožení

Exploatace

Za historicky první, avšak dlouhodobě působící příčinu ústupu populací perlorodky říční je považována středověká kořistnická exploatace z důvodu získávání sladkovodních perel, která byla široce rozšířena v Čechách až do konce 19. století. V současnosti už není lov perlorodky říční za účelem získávání sladkovodních perel ve střední Evropě prováděn cca 50 let a z hlediska české legislativy by se jednalo o porušení zákona o ochraně přírody a krajiny č. 114/1992 Sb., přesto jsou známy případy rozsáhlého nelegálního sběru.

Eutrofizace

Za hlavní příčinu vymírání perlorodky říční v Evropě byla dlouho považována eutrofizace povrchových vod. V České republice bylo v devadesátých letech 20. století tímto způsobem poškozeno 11 ze 14 vybraných povodí. Vyšší trofie toků vede k vyšší intenzitě metabolismu a následné krátkověkosti druhu a tím k snížení reprodukčního potenciálu populace. Ve všech věkových skupinách však nastupuje vysoká úmrtnost. Jemné organické sedimenty dále mohou způsobit uzavření dna (proces kolmatace – tj. zanášení intersticiálu organickým sedimentem) pro juvenilní stádia a tím zablokovat reprodukční proces.

Chemické značištění vod

V souvislosti s postupným hospodářským rozvojem společnosti se zvýšilo i množství cizorodých látek vstupujících do vodního prostředí. Toxické znečištění vod vlivem industrializace poškozovalo již od konce 19.století většinu historických lokalit perlorodky říční a vedlo k zániku populací v nižších polohách řek Otavy a Vltavy. V druhé polovině 20. století se tento jev rozšířil i do dosud málo postižených pramenných oblastí toků, převážně díky velkoplošnému používání minerálních hnojiv, pesticidů a dalších cizorodých látek v zemědělství a lesnictví.
Obecně platí, že juvenilní perlorodky jsou na toxicitu kovů citlivější než dospělci, proto může docházet k situaci, kdy je na lokalitě početná adultní, plně se reprodukující populace, ale juvenilní ročníky chybí.

Eroze a sedimentace v tocích

V souvislosti s lidskými aktivitami v povodích dochází ke zvyšování množství materiálů vstupujících do toku z celé plochy povodí. V případě náhlého vzniku velkého množství splavenin dochází k poškozování biotopu perlorodky říční. V  částech toku s nižším procentickým spádem nebo na vnější straně meandrů, kde je nižší unášecí síla proudu, splaveniny sedimentují a silnou vrstvou zcela překrývají dno toku. V České republice jsou významným zdrojem materiálu erozní strže, příkopy odvodnění (zejména lesnického) a nedostatečné zabezpečení revitalizačních úprav.

Nevhodný průběh teplotní křivky

Refugia perlorodky říční se zachovala jen blízko horního výškového limitu rozšíření. Na těchto stanovištích je však výskyt provázán s historickým antropogenním odlesněním území a vznikem prosvětlené teplejší mozaikovité zemědělsko-pastevní krajiny s otevřenými nivami. Se změnou hospodářského využívání po 2. světové válce a vlivem přirozené sukcese tyto plochy zarůstají.
Pro zdárný průběh reprodukčního cyklu je, mimo jiné, nutné zajistit také optimální průběh teplotní křivky aby došlo k dozrání glochidií uvnitř samic a následnému vyvrhování larev do vodního prostředí. Druhou podmínkou pro pokračování reprodukčního cyklu je dosažení potřebného množství denních stupňů nutných pro úspěšný průběh metamorfózy na žábrách hostitelských ryb.

Nevyrovnaný vodní režim

V době povodní v horních tocích řek, kde se dnes perlorodka vyskytuje, je následkem vysokých průtoků dno vyčištěno. Velké povodně proto mají ozdravný vliv na biotop perlorodky říční, ale krátkodobě mohou vlivem silného jednorázového driftu způsobit snížení počtu adultní populace na lokalitě. Opačným extrémem je snížení průtoku nebo u malých přítoků celkové vyschnutí toku. Tyto extrémní stavy pak ohrožují celé populace perlorodek (juvenily i adulty), jako tomu bylo např. při vyschnutí Bystřiny v roce 2003.

Narušení vápníkového matebolismu

Stagnace v reprodukci perlorodky říční mimo jiné časově koreluje s prudkým nástupem kyselých dešťů ve střední Evropě v 60. letech 20. století. Vyplavováním minerálního vápníku z půd klesá jeho obsah i v rostlinách. Vápník vázaný v organické formě pocházející z odumřelých rostlinných částí je nezbytný k výživě juvenilních i adultních jedinců ve stavbě schránky.

Nedostatek vhodných hostitelských ryb

Jednou z příčin ohrožení životaschopnosti populací perlorodky říční může být i nedostatek vhodných hostitelů pro vývoj larválních stádií. V podmínkách České republiky je v současnosti hostitelskou rybou pro glochidie perlorodky pouze pstruh potoční. Během dlouhé koevoluce obou druhů vznikla silná vazba mezi parazitem a hostitelem, jejíž specifita roste s geografickou blízkostí obou populací. Kromě nízkých početností místní formy pstruha potočního jsou problematické i antropogenní zásahy do rybí obsádky - jde zejména o zarybňování povodí nepůvodními liniemi pstruhů nebo nepůvodními druhy ryb, jakou je např. pstruh duhový.