Příčiny ohrožení
Gentianella praecox subsp. bohemica
Absence vhodného managementu stanovišť
Na všech původně obhospodařovaných lokalitách přineslo ukončení pastvy či seče pro hořeček mnohotvarý český mnoho negativních změn vegetačních a světelných podmínek stanoviště. Po skončení extenzivní pastvy nastaly sukcesní změny na lokalitách provázené zarůstáním křovinami a konkurenčně zdatnějšími druhy bylin a trav. Tyto kompetičně zdatnější expanzivní a vitálnější druhy významně ohrožují v posledních desetiletích poslední populace hořečku, proto je pro jejich obnovu nutné zavést vhodný a pravidelný management – seč a pastvu.
Nesprávná pastva a seč však někdy mohou patřit mezi další faktory, které mohou negativně ovlivnit populace hořečku, proto je důležité zvolit správný management lokalit velmi citlivě.
Destrukce stanovišť
V minulosti zanikla řada lokalit přímou likvidací biotopu lidskou činností - rozoráváním luk a pastvin, zcelováním pozemků, zalesňováním či zástavbou.