Příčiny ohrožení

Změna způsobu hospodaření a využívání krajiny, ztráta biotopů

Hospodářské změny po roce 1948 vedly ke změně krajinné mozaiky, která se druhu dotkla především v Poohří. Nicméně ani zde nebyly naštěstí tyto změny tak tragické, protože s rozvojem chat vznikla v krajině mozaika jiná a užovka ji přijala. Po roce 1989 se však krajinná mozaika dále mění. V bezlesí, které je obhospodařováno, se hospodaří příliš intenzivně a naopak plochy neobhospodařované zarůstají stále více. Ve většině volné krajiny tak vznikají dva extrémní biotopy a) intenzivně obhospodařované krajinné celky b) zcela zanedbaná, kdysi obhospodařovaná krajina, které nejsou pro druh vhodné a užovka v Poohří přežívá pouze v obcích a chatařských osadách. Jako migrační koridor je nucena využívat příkopy podél komunikací či dokonce vlastní komunikace, kde je ohrožována autoprovozem. V Podyjí pak trpí především zarůstáním krajiny.

Izolovanost populace v Poohří

Velké ohrožení populace v Poohří vyplývá z velmi omezeného areálu výskytu, nízkého počtu jedinců (cca 400-600 ex.) a ze samotné podstaty izolovanosti, kdy jakékoli ztráty způsobené vlivem různých negativních faktorů nemohou být kompenzovány imigrací jedinců odjinud. Veškeré negativní vlivy tedy působí na populaci větší intenzitou.

Antropogenní vlivy

Užovka stromová je vážně ohrožena stále rostoucím antropogenním tlakem. Nejvážnější negativní vlivy představují:
Autoprovoz (na silnicích hynou především mláďata), výstavba (zábor a destrukce biotopů a tvorba migračních bariér), cyklistika (úmrtnost na cyklostezkách s rovným povrchem), vandalismus (hrozí nejčastěji od neinformovaných turistů) a nezákonný odchyt (ilegální obchod).

Negativně - pozitivní zásahy

Zejména v Poohří přežívají užovky díky aktivitám, které sice mohou jedince fyzicky likvidovat, ale díky nimž je pro druh vytvářen vhodný biotop. Mezi tyto aktivity patří:
čištění příkopů u silnic, vysekávání průseků pod elektrickým vedením, chataření a chalupaření, hubení neofytů, manipulace s deponiemi dřeva při lesní těžbě a sekání zahrádek či veřejných prostor.

Predátoří a nemoci

Přirozenými predátory jsou šelmy a draví ptáci, příležitostně divoká prasata. Potenciálně velkým nebezpečím jsou allochtonní predátoři, zejména norek americký, mýval severní, případně  psík mývalovitý.
Z chorob je pak významné kožní onemocnění, rozšířené v minulosti v Poohří a nyní poněkud ustupující.